| 5.1 |
第4.6段曾解釋教資會所扮演的角色。不過，常有的說法，則謂教資會是一個中介，是政府和院校之間的「緩衝地帶」，讓院校的內部管理不受政治干擾，同時又讓職員能自由選擇研究方向或發表意見。事實上，教資會是因為獲得社會授權，就上述事宜向政府及院校管理組織提供意見，才能發揮守護作用。儘管如此，教資會資助的八所高等教育院校，在法律上均為享有自主權的法團。每所院校有本身的條例及校董會，除了由接受財政資助所引致的限制外，目前院校的確享有學術自由及很大的自主權。
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| 5.2 |
院校自主權由多個複雜的部分組成，並非全都需要絕對的自主權。但最重要的是，各院校在法律上有權在符合香港法例的情況下，享有管理校務的行動自由。院校並非因為取得甚麼特權而要求有自主權；院校這種要求，是建基於一個久經驗證的論據：高等教育院校須享有選擇和行動的自由，方能不負社會人士的支持，妥善處理社會人士期望院校承擔的工作。自主權並不代表院校毋須考慮公眾利益或免受批評，亦不代表院校本身或其他人不應檢討院校的政策。
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| 5.3 |
院校自主權其中一個較重要的範疇是挑選教職員和學生的自主權。雖然薪級表或須得到政府批准（在某些情況下，聘用條件也是如此），但聘請何人出任某個職位，即使是最高層的職位，最終仍由院校的校董會決定。政府會根據教資會的意見，決定各院校的學生名額，但接受或拒絕個別的入學申請，則全由院校決定。
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| 5.4 |
院校自主權的另一個範疇，就是訂定課程的內容及水準。雖然院校在作出決定時，須考慮到申請人過往的學歷、僱主及專業團體的需求，以及學生的期望，而某些學科亦會受到財政的限制，但課程內容及教學水準則全由院校負責。
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| 5.5 |
院校可透過本身的聯絡網（包括管理組織的院外人士和校友），更有效地提供新課程或改良現有課程，以回應社會的需要。如果透過處理人力策劃的的官方渠道作安排，則有欠靈活。當然，學術計劃及其財政影響，院校需與教資會詳細討論。這不單由於教資會實際上是發放款項的機構，也由於教資會在考慮個別院校的計劃時，可以總覽所有院校的計劃和全球的教育趨勢，而教資會同時亦了解政府本身的需要。不過，三年度的撥款一經決定，院校便可行使自主權具體執行學術計劃、改良計劃以配合不斷轉變的情況，以及因應意料不到的發展機會推行新政策，這比由教資會執行更為有效。實際上，明智的院校會把這類工作大量下放至各學系，並給予相若的行動自由。
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| 5.6 |
在研究方面，院校自主權是較為複雜的問題，因為這牽涉到個別研究員的自由。不過，概括來說，院校只需考慮兩個問題，那就是本身的角色，以及把有限的人力和資源運用在某個範疇是否最佳決定，然後自由接受或拒絕外來的研究建議（或資助）。
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| 5.7 |
對高等教育院校來說，最重要是能夠自行決定如何運用政府資助和學費收入，因為這有助院校享有其他方面的自主權。上文第4.3及4.4段已討論過經常補助金的問題，而教資會一貫的政策仍沒有改變：指定用途的撥款及特定用途的撥款只會在特殊的程況下短期發放。財政自由並不等於放縱。院校運用經常補助金時，如採取不負責任的態度，或運用的方式明顯跟政府或社會的需求有矛盾，將會嚴重影響日後獲得的資助。
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| 5.8 |
從院校的自主權轉到個人的學術自由。要討論這個問題，除了要考慮個人如何為社會提供有效益的服務之外，還要觸及道德和道義這兩方面。教學人員在享有個人學術自由的同時，亦須向同事負責。教學方面，在研究院以下程度，教學人員通常並非獨立工作，而是一起商定如何教授整個學科，然後各人執教一個部分。這個學科可能是某項課程的其中一環，授教範圍早經界定。在這個情況下，高等教育院校的個別教師對任教學科的內容，並無太大選擇。教師的自由度並不在於決定學科所涵蓋的範圍，而在於講授時所引用的教材、所發表的意見、講學的風格，但後者亦因為有需要與其他同事配合而受到一定限制。
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| 5.9 |
教學要收到成效，教師必須引起學生的興趣，啟發他們的想像力和尋根究底的精神，幫助他們把所學的知識好好消化，而不是死記硬背當前的正統理論。要學生能夠融匯貫通，教師必須鼓勵學生發問、辯論、質疑。教師亦必須有同樣的自由與學生以至校內及其他院校的教學人員辯論問題，方能使本身學養更為淵博。這樣做的目的，是培養優秀的僱員和愛思考的公民，令他們習關對既有模式和方法抱懷疑態度，因而能改良工作方式，引進新方法及新產品，而他們本身亦可靈活地面對工作內外的新挑戰和新機會。鼓勵教學方面的學術自由，是工商業和社會發達的先決條件。世界上很多較富裕的國家都鼓勵教師和學生自發思考。
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| 5.10 |
在知識整理及知識拓展（學術及研究工作）這兩方面，高等教育工作者受到很多限制，主要是缺乏時間。大多數教員，主要工作是教學，雖然實際教授學生（面授時數）的負擔似乎不太重，但與此有關的備課、行政工作、輔導、考試等，可以佔用每週的大部分時間。某些學科，特別是科技學科，研究工作需要昂貴的設備，或是需要以合作的形式來進行，研究範圍實際上可能因此受到限制。科研工作多是由幾組人員進行的，而個別人員則憑自己的專長作出貢獻。不過，由於缺乏資源─圖書館設施不足、實驗室設備過時和其他類似的不足之處-學術及研究工作在很多方面會受到阻礙。此外，發放款項的機構（院校內外）對工作的優先次序，可能與個別人員持不同的看法，這亦造成其他限制。
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| 5.11 |
前一段有關學術和研究工作上的限制，高等教育工作者一般都習以為常。對他們來說，最重要的是，管理組織、政府或其他人士不會因為他們學術和研究工作的價值，研究結果可能引致的尷尬情況、課題的政治敏感程度或其他無關宏旨的爭辯，而向他們施以更多限制。院校透過刊物、國際會議或書信來往在院校外進行的辯論，亦不應受到限制。高等教育院校進行的研究，包括那些獲學術界及校外委員會優先給予撥款的項目，甚少能夠取得重大成果，這是無可避免的。學術研究也講機緣巧合，很多發明和進步，都是意外之得，而最終造福社會。另闢蹊徑的探索與傳統的研究方法，同樣可以帶來理想的成果。
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| 5.12 |
社會有自由討論的風氣，身處其中的人便會建立起應變的能力，他們自己會成為轉變的原動力，這對社會甚為有利。在不受意識形態控制的情況下進行研究，最有機會得出創新的研究成果，從而增加社會的財富，造福社會。這種看法，除了建基於上述那些偏重實際的論據外，背後還有一些較為理念性的基本理據。總的來說，這些理據是：高等教育院校能夠自行挑選教職員及學生，教學人員能夠以他們認為最適合的方式進行教學和研究，這都屬於廣義的自由，必須受到自由社會的捍衛。
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