主题研究计划的目的是集中大学教育资助委员会（教资会）资助大学的学术研究力量，对香港长远发展具策略重要性的主题进行研究。

主题研究计划设有四个研究主题，四个主题下共设有20个重大挑战题目：

1. 剖析疾病及疾病预防
   1. 传染病
   2. 剖析发病机制以保障健康
   3. 干细胞与再生医学
   4. 疾病预防与管理
2. 建设可持续发展的环境
   1. 水污染及水处理
   2. 可持续建筑环境
   3. 能源效率、节约、转化及采集
   4. 空气质素
   5. 食物生产及食物安全
3. 加强香港作为地区及国际商业中心的策略地位
   1. 香港作为国际金融中心的未来发展
   2. 通过网络能力推动香港商业发展
   3. 推动香港成为卓越的商业中心
   4. 知识经济中的创新生态与商业创意
   5. 金融科技及监管科技
4. 促进对香港起重要作用的新兴研究及创新项目
   1. 大数据及人工智能
   2. 造像、机械人技术及智能制造
   3. 城市基础建设及智慧城市
   4. 教育及数码公民身分
   5. 量子技术
   6. 集成电路

每个项目的年期最长为五年，研资局资助金额上限为7千5百万元（按直接项目成本计算）。

符合研资局优配研究金申请资格的研究人员可提交申请，每名申请者可以项目统筹者身分在每一轮的卓越学科领域计划或主题研究计划提交一份建议书。

符合所属主题的建议书会根据学术质素进行评审。评审准则包括：

1. 学术水平达世界一流水准
2. 对香港的影响
3. 研究团队的履历/往绩
4. 清晰的策略
5. 具备成为卓越研究项目的架构

初步建议书须于2024年9月20日下午5时前，透过所属统筹大学之研究办事处呈交至教资会秘书处。入围的初步建议书所属的团队会于2024年底前获邀提交具体建议书。进一步入围的具体建议书所属的团队会获邀参加于2025年6月举行的遴选面见。