教資會在尊重資助大學分配和管理內部資金自主權的同時，亦認同良好的財務管治及作出穩健的財務規劃的重要性；並依循問責性及透明度的方針，確保撥予大學的公帑用得其所、合乎效益。
大學須遵守《教資會程序便覽》內有關教資會撥款的使用和未用餘額的相關規定。 《教資會程序便覽》亦就報告、審計和核證方面訂出要求。
為了協助大學維持良好的財務管治及作出穩健的財務規劃，教資會於2011年設立財務工作小組，審視大學的財務狀況。工作小組完成檢視工作後，於2013年10月發表報告就大學的成本分攤方法及財政透明度提出建議。我們亦就這方面為資助大學制定了財務指引。