1998至2001的三年期的撥款
向政府提交撥款建議是教資會其中一項最重要的工作。於考慮撥款建議時，教資會的首要考慮是各院校的教研需要，其主要目的是確保各院校可獲得足夠撥款，在各自的崗位上追求卓越。
向各院校提供的撥款分為經常補助金及非經常補助金。非經常補助金由當局按年發放，至於經常補助金則由當局按照學術規劃周期每三年發放。前者主要為資助各院校的大型基本工程以及較小型的改建、加建、維修及改善工程；至於後者則主要用以支持各院校的教研工作。另外，院校亦可得到額外撥款，推行居所資助計劃。
政府於1998至2001的三年期內分配予各院校之經常補助金總數接近港幣400億元。經常補助金主要以整體撥款形式撥予各院校（教院除外），讓院校在計劃其工作時更有彈性。至於教院，由於發展年期尚短，教資會認為須要繼續以指定用途補助金形式向其提供經常補助金。已批准的1998至2001的三年期經常補助金詳列於圖2.2。
教資會撥款機制主要建基於一個以方程式為主的模式，分別計算每所院校就教學、研究及專業活動所需的資源。
經常補助金的教學部分的計算方法須考慮各院校的學生數目、學科分佈、課程程度及其修讀模式，這些因素均會影響教學成本。
而經常補助金的研究部分的計算方法主要與活躍於研究的職員數目有關。透過研究評審工作，教資會掌握每個教學部門活躍於研究活動人員的比例。另外，撥款方程式亦顧及到教學人員參與專業活動這方面的工作，這些專業活動未必能夠於研究評審工作中得到全面反映。
但是，教資會認為單憑撥款公式，無法完全涵蓋香港複雜的高等教育制度之各種需要，因此，公式得出之結果只為評估經常補助金數額的起點。教資會於訂定其最後撥款建議時，亦會考慮到個別院校的特殊因素，例如其發展階段、教學質素等。
於1998至2001的三年期，教資會於經常補助金中預留約港幣22億元作為中央撥款，以不同撥款計劃及形式，發放給院校。
一如以往，預留中央撥款的目的，是讓教資會推動一些重要的政策目標，促進院校之間的合作，從而達致長遠節省資源的目標；以及應付在三年期內未有預見的撥款需求。
一如其他三年期， 於1998至2001的三年期的中央撥款的發放途徑，包括由研究資助局批撥的研究用途補助金、其他特定補助金包括教學發展補助金、語文培訓補助金等。詳情可見本報告之相關章節。
於1998至2001的三年期，由中央撥款資助的其他主要項目包括香港學術研究網絡的提升工作以及重組聯校就業資訊系統。
