教资会在尊重资助大学分配和管理内部资金自主权的同时，亦认同良好的财务管治及作出稳健的财务规划的重要性;并依循问责性及透明度的方针，确保拨予大学的公帑用得其所、合乎效益。
大学须遵守《教资会程序便览》内有关教资会拨款的使用和未用余额的相关规定。 《教资会程序便览》亦就报告、审计和核证方面订出要求。
为了协助大学维持良好的财务管治及作出稳健的财务规划，教资会于2011年设立财务工作小组，审视大学的财务状况。 工作小组完成检视工作后，于2013年10月发表报告，就大学的成本分摊方法及财政透明度提出建议。 我们亦就这方面为资助大学制定了财务指引。