主題研究計劃的目的是集中大學教育資助委員會（教資會）資助大學的學術研究力量，對香港長遠發展具策略重要性的主題進行研究。

主題研究計劃設有四個研究主題，四個主題下共設有20個重大挑戰題目：

1. 剖析疾病及疾病預防
   1. 傳染病
   2. 剖析發病機制以保障健康
   3. 幹細胞與再生醫學
   4. 疾病預防與管理
2. 建設可持續發展的環境
   1. 水污染及水處理
   2. 可持續建築環境
   3. 能源效率、節約、轉化及採集
   4. 空氣質素
   5. 食物生產及食物安全
3. 加強香港作為地區及國際商業中心的策略地位
   1. 香港作為國際金融中心的未來發展
   2. 通過網絡能力推動香港商業發展
   3. 推動香港成為卓越的商業中心
   4. 知識經濟中的創新生態與商業創意
   5. 金融科技及監管科技
4. 促進對香港起重要作用的新興研究及創新項目
   1. 大數據及人工智能
   2. 造像、機械人技術及智能製造
   3. 城市基礎建設及智慧城市
   4. 教育及數碼公民身分
   5. 量子技術
   6. 集成電路

每個項目的年期最長為五年，研資局資助金額上限為7千5百萬元（按直接項目成本計算）。

符合研資局優配研究金申請資格的研究人員可提交申請，每名申請者可以項目統籌者身分在每一輪的卓越學科領域計劃或主題研究計劃提交一份建議書。

符合所屬主題的建議書會根據學術質素進行評審。評審準則包括：

1. 學術水平達世界一流水準
2. 對香港的影響
3. 研究團隊的履歷/往績
4. 清晰的策略
5. 具備成為卓越研究項目的架構

初步建議書須於2024年9月20日下午5時前，透過所屬統籌大學之研究辦事處呈交至教資會秘書處。入圍的初步建議書所屬的團隊會於2024年底前獲邀提交具體建議書。進一步入圍的具體建議書所屬的團隊會獲邀參加於2025年6月舉行的遴選面見。