本計劃是由國家自然科學基金委員會（基金委）及香港研究資助局（研資局）協議成立，目的是資助內地及香港跨學科、跨院校的合作研究重點項目，以持續提升內地與香港的研究成果與影響力，並以試驗性質運行3年。

本計劃資助由內地和香港地區科研人員聯合提出的合作研究計劃。重點資助的領域為信息技術、生命科學、新材料科學、海洋與環境科學、醫學科學及管理科學。

本計劃旨在資助為期四年的研究項目。香港申請人可就研究項目申請不超過港幣360萬元（不計附加行政費用在內）。計劃每年資助約十個項目。

香港申請人的申請資格，與基金委及研資局聯合科研資助基金計劃的相關要求無異。內地或香港申請人只可在同一資助年度中於聯合科研資助基金計劃下以首席研究員或於本計劃下以項目統籌者的身份提交一份申請。

香港項目統籌者應完全符合研資局優配研究金的申請資格。已獲聯合科研資助基金計劃資助並在進行中的合作研究項目的首席研究員，不能以項目統籌者的身份向本計劃遞交新申請，除非有關香港及內地首席研究員已在本計劃的截止日期前分別向研資局及基金委遞交該項目完成報告。若該首席研究員並非以項目統籌者的身份參與本計劃，則不受上述條文限制。此外，香港申請人亦須查閱基金委的相關規定，以確定其香港項目統籌者的身份符合基金委的規定。

內地申請人應向基金委查詢以確保符合計劃的申請資格。

內地和香港以外地區的研究人員可以作為內地或香港一方的成員，參與本計劃。

申請項目的科學價值及創新性；共同參與的研究人員、研究單位及大學之間的協同效應，與兩地優勢互補的程度；以及項目的長遠目標及對兩地的影響是主要的考慮因素。若兩份建議書在學術質素上表現相若，學科平衡亦會成為甄選條件之一。

申請應由香港和內地研究合作者在各截止日期前同時提交。香港申請者應向所屬大學查詢內部截止日期。而內地申請者則須向基金委的港澳台事務辦公室申請，內地申請程序請參閱基金委網頁 (https://www.nsfc.gov.cn)。香港申請者須於2025年3月5日下午5時或以前，經由所屬大學的研究辦事處將建議書送達研資局。此外，香港申請人亦須在上述截止日期前向研資局提交內地合作者向基金委遞交的申請書複印本兩份和其軟複本一個。