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香港城市大學(城大)的一組電腦工程師,正協助生物學家解決如何更準確讀取基因微陣列影像的問題。
嚴洪教授及他的研究員,發展出一套電腦軟件,可將讀取DNA芯片的誤差率減少一半。也就是說,內含約10,000個基因電腦影像的DNA芯片,可以在一日而非兩日之內讀取。測試顯示,這種名為GeneIcon的軟件,表現優於目前廣泛應用的程式。研究人員已為GeneIcon申請專利。

 

利用嚴洪教授的軟件(左)與現有軟件讀取基因微陣列影像的分別。右方的白圈表示遺失的資料。

分析基因可協助生物學家找出疾病的成因,以及治療藥物對人體的影響,其作用十分重要。
在準備進行分析前,DNA芯片須透過雷射掃描器,轉換成電腦影像。嚴教授指出,雷射掃描產生的問題,與光學文字讀取程式的問題相同,在讀取期間,某些文字或會被遺漏,或出現變形,需要由人手將電腦影像清理。
嚴教授說:「這是一件很費時的工作,但我們的軟件在一定程度上減少了人手矯正的需要。」電腦影像通常因受塵埃、破損和污垢干擾而損毀,對比度低也是一個問題。
嚴教授認為,GeneIcon仍有待改良,包括更方便使用的界面。
這項跨學科計劃,與城大的生物學家共同進行。研究的下一階段,就是與生物學家合作,以電腦分析DNA芯片數據,從而研究基因的功能。嚴教授說:「現有的技術仍很原始。我們向生物學家提供他們所需的工具,以助他們一臂之力。
電子工程與生物學之間本存在一定的距離,但我們的工作有助消減彼此的隔閡。」

首席研究員
嚴洪教授:h.yan@cityu.edu.hk