教资会给予资助院校的拨款，分为经常补助金及非经常补助金。
经常补助金用于院校的学术活动及有关的行政工作，而非经常补助金则用以资助大型工程项目及较小型的校园改善工程。
(A)
经常补助金
2009年1月，立法会财务委员会通过教资会资助院校在2009╱10至2011╱12的三年期经常拨款，获核准予资助院校之经常补助金总额为339.92亿元。这笔款项包括整体补助金和指定用途补助金。
经常补助金一般是以三年期的方式发放，以配合学术发展计划的周期，并主要以整体补助金拨款的形式拨予院校，使院校可灵活运用这笔款项。拨款一经批准，各院校可自行决定如何妥善利用所得资源。各院校的补助金额，大致按既定拨款公式计算。整体补助金分为三个部分：
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教学用途拨款
教学用途拨款是根据学生人数、修课程度（即副学位课程、学士学位课程、研究院修课课程和研究院研究课程）、修课形式（即兼读和全日制）和学科等因素计算。有些学科由于需要特别设备或实验室，或须占用教职员较多时间，因此成本较高。由2005╱06至2007╱08这三年期起，按概括学科类别划分的相对成本加权数值分为三个组别，详情载于表一。
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研究用途拨款
研究用途拨款基本上与从事研究工作人员的质素及数目和相关学术领域的研究成本挂钩。通过研究评审工作，教资会可厘定每个成本中心内活跃于研究工作人员的数目，并评审同一院校内不同成本中心的研究表现。
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专业活动用途拨款
专业活动用途拨款是用以支持全体教学人员均应参与但不纳入研究评审工作范围内的专业活动。这些活动包括社区服务或就社会或专业问题提供意见。拨款额按教学人员的数目计算。
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表一：按物价划分的学科类别的相对成本加权数值
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拨款公式计算所得的结果，是教资会评核院校经费需要的重要参数。不过，教资会拟定其最后拨款建议时，亦会考虑个别院校的特殊因素，视乎情况作出公式以外的调整。
在整体补助金制度以外，教资会还向院校发放有特定目标的指定用途补助金，例如研究用途补助金、供进行知识转移活动的补助金、卓越学科领域计划补助金和中央拨款项目补助金。
除非指标学费水平有变、政府推出新措施或公务员薪酬有任何调整，否则，经常补助金额一经厘定，在有关三年期内不会更改。由于公务员由2010年1月1日起减薪，政府亦按惯常安排相应下调2009╱10学年的补助金额约1.65亿元。
教资会经常补助金周期的图解说明 |
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财务报告和监察
教资会资助院校是独立的法定机构，各自受有关条例规管。院校在设计课程、甄选学生和招聘员工，以及内部调配资金方面，均享有相当大的自主权。教资会尊重院校分配和管理内部资金的自主权，但亦采取负责任和具透明度的方法，确保院校妥善和有效地运用公帑。
为了让院校在财政方面享有高度自主权，教资会主要以整体补助金形式资助院校。整体补助金以整笔拨款方式，为院校提供资助期间（通常为三年期）所需的资源。教资会并无指定院校应如何运用这笔款项，唯整体补助金必须用于“教资会可资助活动”
的范围内，同时遵照核准学生人数指标提供学额。整体补助金的确实金额须于有关资助周期开始前经立法会财务委员会批准。此后，院校全权决定和负责如何妥善适当运用补助金。
院校须交代未动用的公帑
院校可备存部分经常补助金作一般储备金，以应付日后新的发展需要。有关储备金上限为该三年期获批的经常补助金总额（除指定用途补助金外）的百份之二十。超逾该上限的一般储备金须退还教资会。一般储备金与整体补助金的运用均受到相同的规则规管。至于指定用途补助金，在财政年度或核准资助期结束后如有余款，须悉数退还教资会。
院校定期向教资会提交财务报告
我们要求院校在每个财政年度完结后提交年度报表，汇报教资会各项拨款的使用情况。另外，各院校校长亦须每年向教资会呈交一份责任证明书，确认经教资会批拨的公帑按照院校与教资会议定的规则和指引使用。
院校的财务状况须按专业会计准则记录并经外聘核数师审计
院校须按照《香港财务报告准则》及教资会采纳的建议会计准则指引（如适用），妥为保存会计记录。院校每年亦自行安排外聘核数师，按审计业界普遍采用的核证准则，审核财务报表和年度报表。为确保公帑运用得宜，院校亦须接受审计署署长的审核。
教资会经常关注资助院校的财务状况，并会不时向院校查询有关教资会界别的财务事宜。
(B)
非经常补助金
教资会以非经常补助金资助院校为教资会核准的活动而进行的基本工程项目。这些工程项目是通过基本工程计划及改建、加建、维修及改善工程计划，每年向政府申请拨款。详情请参阅“工作摘要－工程项目”一章。
财务报告及监督
非经常补助金来自基本工程储备基金，是政府基本工程计划的一部分。院校在处理公帑资助的工程计划时，必须遵循基本工程计划内有关开设及管理工程项目的程序。对于获得非经常补助金的工程计划，院校须承担这些工程的全部责任，并作出交代。院校须严格确保工程支出不会超越核准预算费及核准工程范围，即立法会就逾2,100万元的基本工程项目核准的工程范围，以及教资会就工程费用不超过2,100万元的改建、加建、维修及改善工程项目核准的工程范围。
院校须确保有一套合适的成本监控制度，管理公帑的使用，以确保其公帑资助工程计划在合乎经济原则、高效率及有效的大原则下完成，并确保公帑用得其所。院校应参考适用于公共基本工程的最新政府规则及规例，制订适当的采购程序，处理公帑资助的工程项目。
我们会按月向院校发放工程项目的核准资金。工程项目完成时，院校须向教资会提交决算账目，并将结余或未经批准的支出退还政府。
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